ארגוני הגימלאים
הארגון הארצי של עובדי המחקר במערכת הבטחון הוא הארגון היציג אשר מאגד את כל ארגוני העובדים והגימלאים במערכת הבטחון ובמשרד ראש הממשלה. ארגון זה הוא המקביל של "הסתדרות העובדים החדשה", ומשמש כגוף אשר מוסמך לייצג את חבריו מול המעסיקים השונים לצורך מו"מ לחתימת הסכמים קיבוציים ובמידת הצורך גם בבתי המשפט.
הארגון כיום מורכב משלושה איגודים אוטונומיים:
איגוד א' – אשר מייצג את עובדי המחקר במערכת הבטחון בדרום הארץ ובמרכזה.
איגוד ב' – אשר מייצג את עובדי המחקר ברפאל בע"מ.
איגוד ג' – אשר מייצג את גימלאי דרוג המחקר של מערכת הבטחון.
בשנת 2000, לקראת המעבר של יחידת הסמך לחברה בע"מ, הוקמה עמותת עובדי המחקר ברפא"ל על ידי העובדים הפעילים ביחידת הסמך. תפקידה העיקרי היה לאגד את כל האמצעים האנושיים והפיננסיים כדי להבטיח שכל הסכמי המעבר לחברה יכובדו וישמרו. בשלב ההקמה היו חברים בעמותה רק העובדים ביחידת הסמך אשר היו פעילים ביום המעבר. בשנת 2003 צורפו לעמותה זו גם גימלאי העבר של יחידת הסמך והיום מונה העמותה כ- 1600 חברים. כיום כל עובד מחקר ברפאל בע"מ (שהיה פעיל ביום המעבר) וכל גימלאי (בין שפרש לפני המעבר ובין שלאחריו) חברים בעמותה.
בשנת 2004 הוקם סניף ג'- 2 במסגרת איגוד ג' דלעיל, שאליו משתייכים גימלאי יחידת הסמך רפא"ל ג2 שאינם עובדים ברפאל בע"מ .הסניף מייצג את גימלאי יחידת הסמך רפא"ל במוסדות הארגון הארצי ע"י 2 נציגים באסיפת הארגון וע"י חבר ועד אחד בועד הארצי של הארגון.